加工贸易账册项下的保税货物库存盘点是指企业在加工贸易账册核销周期到期时，由企业、海关或所委托的中介机构对保税货物进行盘点，并确认盘点结果的过程。
主要业务办理流程：确定核销截止日期及盘核方式---企业（海关、中介）实施盘点---确认“联网监管企业保税货物库存盘点清册”（以下简称盘点清册）---海关予以审核。
盘点结束后，企业应向主管海关报送盘点清册，内容包括原材料库存、成品折料库存、半成品折料库存、在线料件数量等。
对海关确定实施企业自盘或海关盘核方式的，企业应在加工贸易账册核销截止日期前的规定时限内，将盘点工作计划报送主管海关，包括盘点日期、盘点数据截止日期、盘点货物内容等，并于核销截止日期当天开展盘点，具体时限应依据各主管海关规定；对海关确定实施中介盘核的，按海关总署和主管海关的有关规定和要求处理。
企业在加工贸易账册核销周期到期前，由主管海关确定加工贸易账册核销截止日期，企业根据海关确定的截止日期进行数据准备和盘点工作。主管海关可根据企业实际情况，确定对企业的盘核方式，具体可分为企业自盘、海关盘核、中介盘核三种方式。
1、 企业接受海关盘点核查的内容
主管海关可根据监管需要和企业实际，对企业进行盘点核查，企业应配合海关进行盘点核查。
（1）企业应按照海关要求提供盘点工作计划和保税货物库存账册，包括盘点时间、区域、方法和主要流程等内容及厂区、仓库分布图等。
（2）配合海关进行具体盘核，包括企业按海关要求做好抽查盘点区域的盘点货物清册；企业按海关要求做好随机抽取区域的有关盘点清册；企业按海关要求做好机动巡查区域的盘点货物清册。
（3）配合海关对盘点的结果进行签章确认，并作为企业制作盘点清册的基础。
（4）配合海关提供厂区和仓库分布图、货物存放分布情况说明、盘点工作报告、部分料号级货物盘点情况等。
2、企业报送清册时的注意事项
企业向海关报送盘点清册时的注意事项如下：
（1）盘点清册的各项数据是否填写完整；
（2）原材料库存、成品、半成品折料数量、在线料件数量、转进未报数量等是否正确，是否超出企业的生产能力、仓库容量等；
（3）外发加工数量是否正确；
（4）深加工结转未报数量是否正确；
（5）未申报处理边角料数量是否正常；
（6）未处理边角料数量与出口成品的损耗折算是否一致；（7）盘点清册是否经过企业负责人和海关签章确认；
（8）盘点清册提交海关后，海关将一式两份的盘点清册加盖验讫章骑缝印交回企业后，企业应做存档保留。
3、异常情况处理
（1）企业申报数据不完整、不符合审核要求的情况。企业申报盘点清册数据不完整、不符合审核要求并经海关退回的，企业应按海关要求重新申报。
（2）企业申报数据需要提供相关解释说明材料的情况。企业申报盘点清册数据逻辑不合理，超出海关备案的外发加工计划、深加工结转计划、企业仓储容量的，企业应按海关要求提供相关解释说明材料。

经系统核销核算，存在差异的报核数据可以选择是否由企业处置。对于选择由企业处置的报核数据，企业需通过企业端系统数据查询模块，查询出需要差异处置的加工贸易账册报核数据，并进行处置操作，处置完毕后再申报。对于未选择由企业处置的报核数据，由海关进行处置。 经海关审核同意核销结案后，海关打印加工贸易账册周期核销通知，以示企业办结核销手续。

1.联网监管的核销原则是，企业在某个时段所进口的各项加工贸易保税料件的使用、流转、损耗的情况符合以下平衡关系：
料件期初库存数+进口保税料件（含深加工结转进口、余料结转进口）=出口成品折料（含深加工结转出口）+内销料件+内销成品折料+余料结转转出+剩余料件库存+销毁料件+销毁成品折料+退运退换出口料件-退换进口成品折料-退换进口料件
2.海关对联网企业核查可采取书面核查、海关下厂盘库核查或企业聘请第三方会计师事务所盘库核查等方式。企业可充分借助第三方会计师事务所的力量进行盘库，促使企业内部管理水平提高。
3.企业报核后，海关将企业实际库存量与海关电子底账核算结果进行比对。如企业实际库存量多于电子底账核算结果，海关可按照实际库存量调整电子底账的当期结余数量；如企业实际库存量少于电子底账核算结果，企业应配合海关核查并做出合理解释，对能提供正当理由的，企业可经海关批准后做申请内销处理，避免受到海关行政处罚。

如果企业原先使用的是加工贸易手册，在切换成加工贸易账册之前，主管海关通常会要求企业对原加工贸易手册项下的保税货物进行盘点，以确定加工贸易账册期初数量。企业应做到：
1.做好库存盘点工作。企业应将原加工贸易手册项下进口的保税料件、成品、半成品、在制品、边角料、残次品等都纳人盘点范围，确保无遗漏、可清点。如果海关实施盘点核查，企业更应与海关做好对接和配合工作。
2.对库存盘点差异数进行解释或做好调整。一般情况下，企业盘点得到的保税料件库存量与加工贸易手册核算后的理论结余数会存在一定差异，企业可对差异产生的原因进行解释，情况合理的，经过调整处理后，海关将仓库实存料件数量转入加工贸易账册，作为加工贸易账册的期初值继续进行监管。 需要注意的是，首次开展加工贸易业务的联网企业无须进行库存盘点和调整。

1.企业申报数据不完整、不符合审核要求的情况。企业如出现申报数据不完整、不符合审核要求的情况，主管海关审核后将予以退单处理并告知有关填制要求。企业应按照海关退单要求，重新填制后重新申报。
2.企业存在申报单耗超过国家单耗标准的情况。企业如存在申报单耗超过国家单耗标准的情况，应删除有关单耗数据后重报，其他有关单耗情况应按海关有关规定申报。